Šeperi u Hrvatskoj gotovo su u potpunosti Hrvati (iz Grada Samobora), a vrlo rijetko i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Samoboru i Zagrebu.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 40 Šepera u 16 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 70, pa se njihov broj smanjio za 50 posto. Prisutni su u četiri hrvatske županije, u pet gradova i pet manjih naselja, najviše u Svetom Martinu pod Okićem (15), Zagrebu (<10), Osijeku (<10), Štivici u okolici Nove Gradiške (<5), te u Klinča Selima u okolici Jastrebarskog (<5).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko deset puta, a prvi put 1917. godine u izvoru Imenik dostojanstvenika, činovnika i javnih bilježnika.