Škilje u Hrvatskoj velikom su većinom Hrvati, najvećim dijelom iz Drniša, a rjeđe su i Bošnjaci te Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Drnišu i u Dobojskom Kraju, BiH (područje Doboja). U Parčiću u Gradu Drnišu svaki osmi stanovnik prezivao se Škiljo.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 90 Škilja u 40 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 0, pa se njihov broj višestruko povećao. Prisutni su u devet hrvatskih županija, u deset gradova i deset manjih naselja, najviše u Splitu (30), Siveriću (20), Zagrebu (15), Drnišu (<10), te u Kozaperovici (<10).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 2007. godine u izvoru Enciklopedija hrvatskih prezimena..