Černje u Hrvatskoj uglavnom su Hrvati (iz okolice Rovinja), rijetko i Talijani (iz okolice Pule), te Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u okolici Rovinja i u Srbiji.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 30 Černja u 9 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 0, pa se njihov broj višestruko povećao. Prisutni su u dvije hrvatske županije, tri grada i dva manja naselja, najviše u Kanfanaru u okolici Rovinja (15), Puli (<10), Zagrebu (<10), Rovinju (<5), te u Medulinu u okolici Pule (<5).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 1906. godine u izvoru Ljetopis društva Svetog Jeronima..