Zekajevi u Hrvatskoj velikom su većinom Albanci (iz Kosova), a bitno manje i Hrvati (iz Grada Ploča). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Kosovu i u Gradu Metkoviću.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 30 Zekaja u 11 domaćinstava. Prisutni su u sedam hrvatskih županija, u sedam gradova i jednom manjem naselju, najviše u Zagrebu (10), Sisku (10), Šišljaviću (<10), Makarskoj (<5), te u Pločama (<5).
Izvan Hrvatske
Prezime Zekaj (uključujući: Zekai, Zeqaj, Zeckai i Zekay) prisutno je u 26 država širom svijeta. "Zekay" nosi nekoliko osoba u Americi.