Stojkovići u Hrvatskoj većinom su Hrvati, dobrim dijelom iz Duge Rese, a prema nekim izvorima iz Podgore, kraj Makarske. Stojkovići su često i Srbijanci (iz Srbije), te vrlo rijetko i Crnogorci. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Karlovcu i Zagrebu. U naseljima Venac Mrežnički i Donji Zvečaj u Gradu Dugoj Resi svaki četvrti stanovnik prezivao se Stojković.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 690 Stojkovića u 330 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 730, pa se njihov broj smanjio za 10 posto. Prisutni su u gotovo svim hrvatskim županijama, u 53 grada i 61 manjem naselju, najviše u Zagrebu (85), Karlovcu (55), Rijeci (55), Vencu Mrežničkom (40), te u Dugoj Resi (35).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko trideset puta, a prvi put 1749. godine u izvoru Porezni popis iz 18. stoljeća.