Prezime Rafaj u Hrvatskoj nose Hrvati, većim dijelom iz okolice Donje Stubice. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Zabou i Zagrebu.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 180 Rafaja u 80 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 250, pa se njihov broj smanjio za 30 posto. Prisutni su u deset hrvatskih županija, u 14 grada i 19 manjih naselja, najviše u Zagrebu (40), Šagudovcu u okolici Donje Stubice (20), Mihovljanu u okolici Krapine (20), Špičkovini (10), te u Ciglenici Zagorskoj u okolici Zaboka (10).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko pet puta, a prvi put 1906. godine u izvoru Ljetopis društva Svetog Jeronima..