Hajdukovići u Hrvatskoj većinom su Hrvati, dobrim dijelom iz okolice Đurđevca, a često su i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Osijeku i u okolici Senja. U Prokikama u okolici Senja svaki sedmi stanovnik prezivao se Hajduković.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 420 Hajdukovića u 200 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 710, pa se njihov broj smanjio za 40 posto. Prisutni su u gotovo svim hrvatskim županijama, u 35 gradova i 59 manjih naselja, najviše u Zagrebu (40), Osijeku (35), Bjelovaru (30), Rijeci (25), te u Dalju u okolici Vinkovaca (20).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko pedeset puta, a prvi put 1750. godine u izvoru Porezni popis iz 18. stoljeća.