Prezime Filipaj u Hrvatskoj nose Hrvati, najvećim dijelom iz okolice Krapine. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Zagrebu i u okolici Krapine. U Donjem Vinu u okolici Krapine svaki sedmi stanovnik prezivao se Filipaj.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 170 Filipaja u 80 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 160, pa se njihov broj povećao za 10 posto. Prisutni su u osam hrvatskih županija, u 13 grada i 21 manjem naselju, najviše u Zagrebu (80), u Jurjevcu (15) i Donjem Vinu (10) u okolici Krapine, Martinišću (<10), te u Vrtnjakovcu u okolici Krapine (<10).
Izvan Hrvatske
Prezime Filipaj prisutno je u 7 država na dva kontinenta. Prezime "Filipaj" nosi nekoliko osoba u Americi.
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 2007. godine u izvoru Enciklopedija hrvatskih prezimena..