Babajkovi u Hrvatskoj su Hrvati (iz Grada Zadra), a vrlo rijetko i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Zadru i Zagrebu.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 60 Babajkovih u 40 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 70, pa se njihov broj smanjio za 10 posto. Prisutni su u pet hrvatskih županija, u pet gradova i tri manja naselja, najviše u otoku Istu (25), Zadru (20), Zagrebu (10), Rijeci (<10), te u otoku Olibu (<10).
Izvan Hrvatske
Najmanje jedna obitelj s ovima prezimenom iselila je iz Hrvatske u Ameriku. Prezime Babajko (uključujući: Babayko, Babeico, Babayco i Babaiko) prisutno je u 11 država na tri kontinenta. Prezime "Babajko" nosi oko 70 osoba u Americi i manji broj u Kanadi. "Babayco" nosi manji broj osoba u Americi.