Ajdukovići u Hrvatskoj većinom su Hrvati, dobrim dijelom iz Sinja, a često su i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Sinju i Osijeku.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 310 Ajdukovića u 130 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 340, pa se njihov broj smanjio za 10 posto. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 21 gradu i 20 manjih naselja, najviše u Sinju (60), Zagrebu (55), Splitu (25), Borovu u okolici Vukovara (20), te u Dalju u okolici Vinkovaca (20).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko četrideset puta, a prvi put 1906. godine u izvoru Ljetopis društva Svetog Jeronima..