Vlajkovići u Hrvatskoj većinom su Srbi, a podjednako mogu biti i Hrvati (s otoka Ugljana). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Lipiku i Rijeci. U Bjelanovcu u Gradu Lipiku svaki deveti stanovnik prezivao se Vlajković.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 40 Vlajkovića u 20 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 80, pa se njihov broj prepolovio. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u jedanaest gradova i sedam manjih naselja, najviše u Rijeci (<10), Zagrebu (<5), Vukovaru (<5), Belom Manastiru (<5), te u Markušici u okolici Vinkovaca (<5).