Paponje u Hrvatskoj su Hrvati, najvećim dijelom iz Hercegovine. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Hercegovini (područje Ljubuškog) i u Hercegovini (područje Mostara). U naseljima Zvirići, Prigrađani i Paoča u Hercegovini svaki osmi stanovnik prezivao se Paponja.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 220 Paponja u 80 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 10, pa se njihov broj višestruko povećao. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 21 gradu i dvanaest manjih naselja, najviše u Metkoviću (70), Zagrebu (35), Požegi (25), Iloku (25), te u Đakovu (15).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko dvadeset puta, a prvi put 1906. godine u izvoru Ljetopis društva Svetog Jeronima..