Mustafići u Hrvatskoj podjednako su Hrvati (podrijetlom iz Samobora) i Bošnjaci (iz Podrinja, BiH) te su vrlo rijetko i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Samoboru i u Cazinskoj Krajini, BiH (područje Velike Kladuše). U Radovčićima u Podrinju, BiH svaki treći stanovnik prezivao se Mustafić.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 160 Mustafića u 80 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 40, pa se njihov broj višestruko povećao. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 24 grada i 26 manjih naselja, najviše u Zagrebu (35), Puli (25), Sisku (20), Samoboru (15), te u Splitu (<10).
Izvan Hrvatske
Prezime Mustafić (uključujući: Mustafic, Mustafich) prisutno je u 26 država širom svijeta. Prezime "Mustafic" nosi oko 500 osoba u Americi, približno 200 u Njemačkoj, te oko 200 osoba u Austriji. "Mustafich" nosi manji broj osoba u Americi.
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 2007. godine u izvoru Enciklopedija hrvatskih prezimena..