Muškinje u Hrvatskoj velikom su većinom Srbi, bitno manje Hrvati (iz okolice Pazina), te rijetko i Mađari (iz Grada Koprivnice). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Bjelovaru i u okolici Slunja.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 50 Muškinja u 20 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 90, pa se njihov broj smanjio za 50 posto. Prisutni su u devet hrvatskih županija, u jedanaest gradova i deset manjih naselja, najviše u Bjelovaru (<10), Mirkovcima (<10), Zagrebu (<10), Čakovcu (<10), te u Bulincu u okolici Bjelovara (<10).
Izvan Hrvatske
Prezime Muškinja prisutno je u ovom obliku samo u Hrvatskoj.
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 1917. godine u izvoru Imenik dostojanstvenika, činovnika i javnih bilježnika.