Mrkonjići u Hrvatskoj najčešće su Hrvati, dobrim dijelom iz okolice Imotskog, a vrlo su rijetko Srbi te Bošnjaci (iz tuzlanskoga kraja, BiH). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Splitu i u Tuzlanskoj Regiji, BiH (područje Tuzle).
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 1000 Mrkonjića u 410 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 380, pa se njihov broj više nego udvostručio. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 41 gradu i 89 manjih naselja, najviše u Zagrebu (160), Zmijavcima u okolici Imotskog (110), Splitu (85), Babinoj Gredi u okolici Županje (70), te u Osijeku (60).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje preko deset puta, a prvi put 1906. godine u izvoru Ljetopis društva Svetog Jeronima..