Mrkonje u Hrvatskoj u su najvećem broju Hrvati, dobrim dijelom iz Slunja, a rjeđe i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Slunju i u Srednjoj Bosni (područje Travnika). U naseljima Videkić Selo i Donji Lađevac u Gradu Slunju svaki osmi stanovnik prezivao se Mrkonja.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 200 Mrkonja u 80 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 200, pa je njihov broj ostao podjednak. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 21 gradu i 29 manjih naselja, najviše u Karlovcu (15), Zagrebu (15), Slunju (15), Garešnici (10), te u Ivankovu u okolici Vinkovaca (10).
Izvan Hrvatske
Prezime Mrkonja prisutno je u 11 država na tri kontinenta. Prezime "Mrkonja" nosi manji broj osoba u Njemačkoj, manji broj u Australiji, te manji broj osoba u Americi.
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 2007. godine u izvoru Enciklopedija hrvatskih prezimena..