Mrkšići u Hrvatskoj većinom su Srbi, dobrim dijelom iz okolice Vinkovaca, ali su često i Hrvati (iz Osijeka). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Osijeku i Zagrebu. U Jagrovcu u okolici Duge Rese svaki šesti stanovnik prezivao se Mrkšić.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 120 Mrkšića u 70 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 300, pa se njihov broj višestruko smanjio. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 23 grada i 24 manja naselja, najviše u Zagrebu (15), Čepinu u okolici Osijeka (<10), Osijeku (<10), Oroliku u okolici Vinkovaca (<10), te u Vukovaru (<10).
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 1917. godine u izvoru Imenik dostojanstvenika, činovnika i javnih bilježnika.