Karačonjiji u Hrvatskoj uglavnom su Hrvati (iz Grada Đakova), rijetko i Mađari (iz Grada Dugog Sela), te Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Osijeku i Đakovu.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 20 Karačonjija u 13 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 20, pa je njihov broj ostao podjednak. Prisutni su u samo pet hrvatskih naselja i to u Zagrebu (<10), Đakovu (<10), Osijeku (<10), Vrgadi u okolici Biograda na moru (<5), te u Dugom Selu (<5).