Haligonje u Hrvatskoj uglavnom su Hrvati (iz Grada Klanjca), rijetko i Česi (također iz Grada Klanjca), te Slovenci (iz Grada Zagreba). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u gradovima Zagrebu i Klanjcu.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 20 Haligonja u 8 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 30, pa se njihov broj smanjio za 30 posto. Prisutni su u samo tri hrvatska naselja i to u Zagrebu (15), Goljaku Klanječkom (<5), te u Gredicama (<5).
Izvan Hrvatske
Prezime Haligonja prisutno je u ovom obliku samo u Hrvatskoj.
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 1917. godine u izvoru Imenik dostojanstvenika, činovnika i javnih bilježnika.