Bokonje u Hrvatskoj većinom su Hrvati (iz Grada Garešnice), a nešto manje i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Osijeku i u okolici Vinkovaca.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 20 Bokonja u 8 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 10, pa se njihov broj udvostručio. Prisutni su u samo četiri hrvatska naselja i to u Dalju u okolici Vinkovaca (15), Uljaniku (10), Vukovaru (<5), te u Petrinji (<5).