Bajrektarevići u Hrvatskoj većinom su Bošnjaci, dobrim dijelom iz Cazinske krajine (BiH), ali su često i Hrvati (također iz Cazinske krajine, BiH). U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Cazinskoj Krajini, BiH (područje Velike Kladuše) i u Gradu Rijeci. U Johovici u Cazinskoj Krajini, BiH svaki šesti stanovnik prezivao se Bajrektarević.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 90 Bajrektarevića u 40 domaćinstava. Prisutni su u većini hrvatskih županija, u 16 gradova i 17 manjih naselja, najviše u Zagrebu (25), Rijeci (20), Puli (10), Poreču (<10), te u Podhumu u okolici Rijeke (<10).
Izvan Hrvatske
Prezime Bajrektarević prisutno je u 11 država na tri kontinenta. Prezime "Bajrektarevic" nosi oko 100 osoba u Austriji, približno 100 u Americi, te manji broj osoba u Kanadi, manji broj osoba u Švicarskoj.
U izvorima do sada obrađenim u projektu Acta Croatica, ime se spominje nekoliko puta, a prvi put 2007. godine u izvoru Enciklopedija hrvatskih prezimena..