Škubonje u Hrvatskoj uglavnom su Hrvati (iz Grada Šibenika), a bitno manje i Srbi. U prošlom stoljeću relativno najviše hrvatskih stanovnika s ovim prezimenom rođeno je u Gradu Šibeniku i u okolici Pule.
Rasprostranjenost
U Hrvatskoj danas živi oko 20 Škubonja u 11 domaćinstava. Sredinom prošlog stoljeća bilo ih je približno 0, pa se njihov broj višestruko povećao. Prisutni su u četiri hrvatske županije, četiri grada i jednom manjem naselju, najviše u Šibeniku (20), Zagrebu (<5), Splitu (<5), Pločama (<5), te u Bolu na otoku Braču (<5).
Izvan Hrvatske
Prezime Škubonja prisutno je u ovom obliku samo u Hrvatskoj.